كان قدوم الإسلام إلى جنوب شرقي آسيا عبر محور (بحري) سرى الإسلام عبره خلف الطرق البحرية التجارية فأشرق على جزر أندونيسيا والملايو، ثم تقدم نحو الشمال الشرقي، فوصل جزر الفلبين في أعقاب القرن السادس الهجري، وكانت بداية الوصول عبر جزيرة صولو، إحدى جزر الفلبين، وحمل المسلمون من أهل المنطقة مسئولية الدعوة بمساعدة من وصل إليهم من التجار العرب فانتشر الإسلام في منداناو، وصل بعض الأشراف إليها سنة 880هـ يدعون إلي الإسلام فوصلوا إلى ماجنداناو ثم واصلوا إلى لاناو في الجنوب الفليبيني وتقدم إلى مانيلا في الشمال وتأسست ممالك إسلامية في الجزر السابقة، وكان ملوكها من العرب الأشراف.
توجد العديد من الجمعيات الإسلامية، منها جمعية مسلمي الفلبين ومقرها في العاصمة، وجمعية كامل الإسلام وجمعية المؤتمر الإسلامي وجمعية إقامة الإسلام في مدينة مراوى ،والنهضة الإسلامية وجمعية نور الإسلام وجمعية الدعوة الإسلامية في مدينة كوتاواتو وجمعية مسلمي صولو في مدينة سولو، ويصل عدد الهيئات والمؤسسات والمراكز الإسلامية في الفلبين إلى حوالي 124، منها مركز الدراسات الإسلامية بمدينة كوتاواتو الذي يتلقى الدعم من أهالى المنطقة ومركز الدعوة الإسلامية بمدينة مراوى أقامه الدعاة العرب ويضم قاعة للمحاضرات ومكتبة وتصدر عنه مجلة شهرية، وتكتب بعض الكتب الإسلامية بالأحرف العربية، كما كتب نفسير القرآن الكريم بحروف عربية.
كانت بداية تأسيس في سنة 854 هـ، حيث أسس مسجد توجايج بجزيرة صولو التي تمثل أول مسجد أسس في المنطقة، ثم انتشرت المساجد بعد ذلك في العديد من الجزر والمدن الفلبينية، ويقدر عددها بأكثر من 2500 مسجد.